传染病预防控制科：负责制定全区重点传染病的年度工作计划，并组织实施、指导及检查；指导各盟市法定传染病及不明原因疾病的调查处理和防制工作；负责对全区主要及重点传染病流行现状及趋势进行分析，制定切实有效的预防控制措施，为政府和卫生行政部门当好参谋；承担相应疾病的实验室管理，协助下级防病机构开展相关检测项目；参与突发公共卫生事件、重大疫情以及各种突发性自然灾害的病原学检验；对下级机构的微生物检验实验室开展实验室间质量控制及考核与评价，为全区生物安全提供技术支持；实施重大传染病暴发流行、不明原因性紧急疫情及突发应急事件的处理。对盟市、旗县级相关业务单位的传染病预防控制工作实施技术指导；开展重点传染病的专题调查及科研工作，解决传染病防制工作中的疑难问题；传染病预防和控制相关研究及技术更新，推广研究成果；制定有关寄生虫病防制规划，开展大型现场调查，提出防制策略，对重大疫情、偶发病例进行调查处理；负责对下级疾病预防控制机构人员的培训；向社会人群进行有关传染病防治知识宣传及咨询等工作。